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數(shù)字PCR在COVID-19大流行中的應(yīng)用

日期:2021-01-24
瀏覽量:2184

數(shù)字PCR在COVID-19大流行中的應(yīng)用

2019年12月爆發(fā)了一種由新型冠狀病毒SARS-CoV-2引起的傳染病,即2019冠狀病毒病(COVID-19)。SARS-CoV-2的傳染性強(qiáng),導(dǎo)致COVID-19迅速席卷全球,引發(fā)全球大流行,對人類的健康和生活造成嚴(yán)重威脅。為了控制疫情以及為患者提供及時(shí)的治療,準(zhǔn)確、快速的診斷出COVID-19感染者是非常重要的。與此同時(shí),針對這種新型傳染病進(jìn)行深入的研究、加深認(rèn)識對于制定這場大流行的應(yīng)對戰(zhàn)略也至關(guān)重要。



作為一種高靈敏、高精度的核酸定量分析技術(shù),數(shù)字PCR在COVID-19的相關(guān)研究中扮演了重要的角色。中國清華大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程系郭永課題組針對基于數(shù)字PCR的COVID-19相關(guān)研究進(jìn)行了綜述,在該綜述中對數(shù)字PCR的技術(shù)原理和優(yōu)勢進(jìn)行介紹,回顧數(shù)字PCR在COVID-19大流行中的應(yīng)用,并對數(shù)字PCR在COVID-19疫情與相關(guān)臨床應(yīng)用中的改進(jìn)和發(fā)展方向提出見解。相關(guān)綜述在線發(fā)表在VIEW期刊(DOI: 10.1002/VIW.20200082)。


數(shù)字PCR的原理是將傳統(tǒng)PCR的反應(yīng)空間離散為以微液滴為代表的眾多的、微小的反應(yīng)空間,通過對微液滴內(nèi)反應(yīng)結(jié)果的檢測和基于泊松分布模型的統(tǒng)計(jì)分析反映整個體系的原始模板拷貝數(shù)?;谶@種核酸定量檢測原理,數(shù)字PCR能夠?qū)崿F(xiàn)不依賴標(biāo)準(zhǔn)曲線的絕對定量,同時(shí)具有更高的靈敏度、精度和抑制劑耐受性。


數(shù)字PCR的技術(shù)優(yōu)勢在SARS-CoV-2的核酸檢測中得到了完整的體現(xiàn),在低拷貝病毒樣本檢測、不同臨床樣本類型病毒載量定量、樣本制備方法評估、病情進(jìn)展動態(tài)監(jiān)測、參考品制備、環(huán)境中病毒濃度監(jiān)測、病毒突變檢測和抗病毒藥物評價(jià)多個方面均有重要作用:

1)在低拷貝病毒樣本檢測中,數(shù)字PCR相比COVID-19診斷金標(biāo)準(zhǔn)逆轉(zhuǎn)錄熒光定量PCR(RT-qPCR)具有更低的檢測限和更高的靈敏度。

2)針對不同類型的COVID-19臨床樣本(如鼻咽拭子、痰液、血液、尿液、糞便、支氣管肺泡灌洗液等),使用數(shù)字PCR能夠有效評估各個類型樣本的病毒載量,盡可能選擇病毒載量最多的樣本以提高檢出率。

3)在樣本制備方法評估中,利用數(shù)字PCR定量不同滅活方法處理前后樣本中的病毒量,能夠明確處理方法對樣本的影響,從而為臨床實(shí)驗(yàn)室提示最佳樣本制備方法。

4)研究人員利用數(shù)字PCR定量患者不同時(shí)期的樣本中的病毒載量,發(fā)現(xiàn)在早期和進(jìn)展期的病毒載量明顯高于恢復(fù)期的病毒載量,提示動態(tài)監(jiān)測樣本中的病毒載量有助于評估疾病的進(jìn)展。

5)在SARS-CoV-2核酸參考品制備中,數(shù)字PCR能夠?qū)怂徇M(jìn)行精確的定量,能夠提高世界各國SARS-CoV-2核酸測量結(jié)果的一致性和準(zhǔn)確性。

6)數(shù)字PCR能夠靈敏檢測與定量環(huán)境中的病毒RNA濃度,包括從不同環(huán)境中取樣的樣本(如公共區(qū)域、病房、醫(yī)院衛(wèi)生間、實(shí)驗(yàn)室操作員手套、廢水等等)。

7)在實(shí)驗(yàn)室樣品與臨床樣品病毒突變檢測中,數(shù)字PCR適合用于已知的SARS-CoV-2遺傳變異檢測,特別是對于一些低頻突變。

8)在抗病毒藥物的研發(fā)過程中,病毒載量的變化是評估藥物有效性的重要指標(biāo),借由數(shù)字PCR提供的絕對定量結(jié)果,能夠給出更具說服力和準(zhǔn)確的評價(jià)結(jié)果。


雖然數(shù)字PCR的優(yōu)勢與臨床應(yīng)用前景已在許多研究中得到確認(rèn),但想要進(jìn)一步在臨床廣泛應(yīng)用,數(shù)字PCR需要針對以下幾個方面進(jìn)行升級:商用數(shù)字PCR系統(tǒng)需要進(jìn)一步提升樣本檢測通量以充分滿足COVID-19普篩的需求;需要制定國家或行業(yè)統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn);需要產(chǎn)業(yè)界進(jìn)一步降低設(shè)備成本;基于數(shù)字PCR的新冠檢測試劑盒需要經(jīng)過嚴(yán)格多中心評價(jià),并獲得NMPA、FDA、CE等監(jiān)管機(jī)構(gòu)的認(rèn)證。隨著科研和產(chǎn)業(yè)的持續(xù)研發(fā)和投入,未來數(shù)字PCR將在實(shí)驗(yàn)室或醫(yī)院得到更多的應(yīng)用,用于解決科研和臨床問題,提供更準(zhǔn)確的診斷結(jié)果。數(shù)字PCR有望成為下一代分子診斷的核心技術(shù)。


原文鏈接:

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/VIW.20200082

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